VISI
Visi Balai Karantina Pertanian Kelas I Kupang adalah menjadi Instansi Pemerintah yang Tangguh dan Terpercaya dalam perlindungan kelestarian Sumber Daya Alam Hayati Hewan dan Tumbuhan, Lingkungan dan Keanekaragaman Hayati, serta Keamanan Pangan.
MISI
Dengan visi pengembangan dan pembangunan Karantina Pertanian tersebut, maka misi yang diemban Balai Karantina Pertanian Kelas I Kupang adalah:
- Melindungi kelestarian Sumber Daya Alam Hayati Hewan dan Tumbuhan;
- Mendukung keberhasilan program pengembangan agribisnis dan peningkatan ketahanan pangan;
- Memfasilitasi kelancaran perdagangan atau pemasaran produk agribisnis hasil peternakan ke luar Nusa Tenggara Timur;
- Mewujudkan pelayanan prima kepada masyarakat pengguna jasa karantina;
- Mendorong partisipasi masyarakat dalam penyelenggaraan Karantina Hewan dan Tumbuhan.